Dafür gibt es nun zwei Patches. Auf der einen Seite kann man anstelle des Backend_Type varchar einfach Text verwenden. Damit können (quasi) beliebig viele Einträge gespeichert werden. Leider macht der Indexer der Layered-Navigation dort ein paar Probleme. Dazu habe ich aber gerade einen Patch geschrieben.
Auf der anderen Seite kann, wie Jan mit gerade nebenbei sagte, ab MySQL 5 die Anzahl der Einträge des Varchars, abhängig von der Max-Row-Length, auf bis zu 65.000 Zeichen erhöht werden. Das geht z.B. mit folgendem SQL:
ALTER TABLE `catalog_product_entity_varchar` CHANGE `value` `value` VARCHAR( 21000 ) CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NOT NULL DEFAULT ''
Bleibt die Frage welche der Herangehensweisen die bessere ist. Aber das überlasse ich euch selbst :)