Die Lösung liegt hier nicht etwa im z-index (z-index zeigt in dem Fall nur der Firefox korrekt an), für Safari, Chrome und IE muss man dem eingebetteten Video einfach bestimmte Parameter geben:
Man fügt einfach folgendes dem
quality="high" wmode="transparent"
Der fertige Code sieht dann so aus und das Menü liegt über dem Video:
<object style="height: 390px; width: 640px; z-index: 200;" width="640" height="360" classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0"><param name="quality" value="high" /><param name="wmode" value="transparent" /><param name="allowFullScreen" value="true" /><param name="allowScriptAccess" value="always" /><param name="src" value="http://www.youtube.com/v/dwpjJmLb9fs?version=3&feature=player_detailpage" /><param name="allowfullscreen" value="true" /><param name="allowscriptaccess" value="always" /><embed style="height: 390px; width: 640px; z-index: 200;" width="640" height="360" type="application/x-shockwave-flash" src="http://www.youtube.com/v/dwpjJmLb9fs?version=3&feature=player_detailpage" quality="high" wmode="transparent" allowFullScreen="true" allowScriptAccess="always" allowfullscreen="true" allowscriptaccess="always" /></object>
Update 26.03.2013: Wie dem 1. Kommentar zu diesem Theme zu entnehmen ist, kann man auch weitere Parameter setzen, die ggf. besser/ebenso funktionieren. Bei einem aktuellen Projekt hat uns nun der &wmode=transparent geholfen, da unter Windows7 im IE9 diese Problematik erneut aufgetaucht war.
&wmode=Opaque
&wmode=transparent